Según consta en la Reglas de la Hermandad de Nuestro Padre Jesús Nazareno y María Santísima de la Merced, a lo largo del año tienen lugar los siguientes cultos:

• Solemne Triduo en honor a Nuestra Señora de la Merced, siendo la Solemne Función el último domingo del mes de septiembre y, por tanto, comenzando el Triduo tres días antes. Tras la celebración de la Eucaristía, la sagrada imagen de nuestra Señora de la Merced, queda expuesta en veneración durante unas horas.
• Misa en honor a María Santísima de la Merced. El día 24 de septiembre, cuando no coincide dentro de los días de Triduo, se celebra Santa Misa en honor de Nuestra Sagrada Titular, María Santísima de la Merced.
• Misa de Hermandad el último domingo de cada mes, contando con la participación de la Comunidad de Madres Carmelitas Descalzas.
• Misa de difuntos: la misa del último domingo de noviembre, es Solemne Función de Réquiem y es ofrecida por las almas de los hermanos y bienhechores difuntos de la Hermandad.
• Solemne Quinario en honor a Nuestro Padre Jesús Nazareno, que comienza cinco días antes de la Función Principal de Instituto. El último día del Quinario, que se celebra en sábado, tiene lugar la imposición de medallas a los nuevos hermanos, así como la entrega de diplomas a aquéllos que conmemoran su vigésimo quinto aniversario de pertenencia a la Hermandad.
• Función Principal de Instituto, siendo ésta el primer domingo del mes de marzo. Durante la celebración se realiza la pública Protestación de Fe y el juramento de hermanos.
• Rezo del Santo Vía Crucis y anterior veneración de la imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno, que tienen lugar el Domingo de Pasión, es decir, el domingo anterior al de Ramos. Este Vía-Crucis, siguiendo lo establecido en las Reglas de la Hermandad, se realiza en el interior del templo (iglesia conventual de San José). Una vez finalizado, se efectúa con toda solemnidad la subida de Nuestro Padre Jesús Nazareno a su Paso.
• Estación de Penitencia del miércoles santo por las calles de Granada, portando las Sagradas imágenes de Nuestro Padre Jesús Nazareno y María Santísima de la Merced. Según lo establecido en las Reglas, antes de la salida procesional, tiene lugar la celebración de la Misa de Hermanos en el interior del templo. Igualmente, en caso de no poder realizarse la Estación de Penitencia, según lo estipulado en las Reglas, debe rezarse el Santo Vía Crucis ante las sagradas imágenes de Jesús Nazareno y María Santísima de la Merced, pudiendo ser posteriormente veneradas por los fieles.
• Misa de Acción de Gracias, que se celebra el primer Domingo de Gloria y siguiente al de Resurrección, dando gracias por la recién pasada Cuaresma y la participación de todos los hermanos en la Pasión, Muerte y Resurrección de Nuestro Señor Jesucristo.
• Solemne Triduo en honor a la Santísima Virgen del Carmen durante los días 14, 15 y 16 de julio. El día 16, durante la Eucarística se les impone el Santo Escapulario a los fieles que lo deseen.